Keski-Suomen ELY-keskus on määrännyt vanhan lyseorakennuksen suojeltavaksi rakennusperintö-lain nojalla. Suojelu käsittää rakennuksen ulkoarkkitehtuurin sekä sisätilojen kiinteän sisustuksen. Suojelupäätös ei koske lisärakennusta eikä pihapiiriä.
Lyseossa on paljon arvokasta irtaimistoa kuten kirjasto kalusteineen ja kokoelmineen. Lisäksi opettajanhuoneen ja rehtorin kanslian alkuperäiskalusteet ovat edelleen rakennuksessa. Irtokalusteita ja muita esineitä ei kuitenkaan voitu suojella lain nojalla.
Jyväskylän Lyseo oli aikanaan ensimmäinen suomenkielinen oppikoulu.